反滲透系統一旦運行，應盡量保持穩定的運行狀態，每一次系統的啟動和停止都涉及流量與壓力的變化，對膜元件產生機械應力。因此，必要時盡量降低系統的啟動停止頻率，正常的啟動和停止也應該平穩進行。那么當反滲透水處理設備需要正常停止使用一段時間后，應該如何保養維護呢?停運時間長短不同，維護保養得措施也不一樣。
一、系統正常停機步驟
      打開產水排放閥，打開高壓泵旁通控制閥，降低系統的進水流量，同時緩慢打開濃水控制閥，降低壓力至30?40psi左右，關閉相應的加藥裝置，維持此低壓沖洗直到濃水電導與進水電導一致，低壓沖洗5?10min后，系統停機。
二、停運0-2天
      短期停運可按照正常停機程序進行，但必須進行低壓沖洗，并且為了防止細菌滋生，需要每隔24小時沖洗一次。

三、停運2-25天
      1. 停機后保證壓力容器內充滿R0生產的純水，并關閉所有的進水、濃水閥門和產水閥門，防止膜元件干燥和微生物的滋生；
      2. 當溫度大于20℃時，每12小時便需要重復沖洗一次；當溫度小于20℃時，每24小時重復沖洗一次；
      3. 對于地表水或存在高微生物污染的水源，須用R0產水配制的含有1.0%亞硫酸氫鈉的溶液沖洗反滲透系統，如果同時用這種溶液浸泡膜元件，效果更好，重復沖洗周期也將相應延長；
      4. 系統停機期間，溫度保持在5℃?45℃之間，低溫有利于膜元件的保存，但同時應防止系統結冰凍結。

四、長期停運25天以上
      1. 參照正常停機程序進行，并用產品水低壓沖洗系統，同時進行一次化學清洗及殺菌處理，清洗完后用R0產水低壓沖洗系統，直到濃水電導與進水電導一致；
      2. 用反滲透產純水配制含有1.0%的亞硫酸氫鈉保護液，依靠化學清洗系統循環沖洗膜元件，排除壓力容器中的空氣，將膜元件*浸泡在保護液中，防止膜元件干燥，關閉所有的進水閥門、濃水閥門和產水閥門，防止空氣進入使保護液失效；
      3. 每周檢査保護液的pH值，當pH小于3時，需及時更換保護液；
      4. 系統停機期間，溫度保持在5°C?45°C之間，低溫有利于膜元件的保存，但同時應防止系統結冰凍結。